Одна из сюжетных линий, которая изначально отличалась, - это финал. В более ранней версии Питер и Майлз пытаются отделить Гарри от Венома, что вынуждает оригинального Человека-паука убить сына Нормана Осборна, и игрок может видеть нарастающий гнев предпринимателя, который доходит до желания убить друга своего сына. К тому же, этот момент мог бы быть еще более эмоциональным и для Питера.

Через несколько недель после похорон Паркеру звонит адвокат Гарри и сообщает, что покойный оставил ему сообщение. В записанном видео Гарри рассказывает о том, как дорожит дружбой с Питером и считает его братом, которым он восхищался.

Кроме того, создатели хотели расширить нить отношений Пита с Эм Джей и даже создать ее завершение, ведь во время их совместного ужина девушка спрашивает его, почему он до сих пор не подарил ей обручальное кольцо, которое Питер безуспешно пытался скрыть дома. Это приводит к разговору о том, как они представляют свою будущую совместную жизнь и решению, что жениться они пока не торопятся. Поэтому Питер говорит, что может вернуть его, если Мэри Джейн этого захочет. Однако она решает примерить его и сообщает жениху, что оно идеально.

У создателей была и другая идея для злодеев, в том числе Клетуса Кэссиди. Первоначально в этой сюжетной линии Мэри Джейн должна была узнать, что он когда-то жил в приюте, который сейчас заброшен и классифицирован как здание под снос. Она идет в место, полное сувениров из жертв Клетуса. Затем, находясь в приюте в стиле «Молчания ягнят», она должна была выследить его и позвать на помощь Человека-паука и Призрака. Однако они прибывают слишком поздно, когда Кэссиди уже слился с симбиотом. Это, в свою очередь, приводит к битве супергероев против Карнажа.

Последний сюжет, который мог бы выглядеть по-другому, — это сюжет Венома. Сначала Человек-паук должен был узнать от доктора Коннорса, что Гарри хочет открыть проход в другую галактику, где миллиарды симбиотов ждут возможности спастись с умирающей планеты. Однако освобождение Веномом должно было означать конец нашей цивилизации. Затем Человек-паук покидает Майлза и доктора и возвращается в город, чтобы противостоять орде симбиотов и спасти Эм Джей.

Затем Питеру позвонил Майлз и хотел встретиться. К сожалению, это ведёт Человека-паука в ловушку, расставленную Веномом. Начинается драка, в которой симбиот ранит героя в грудь, и к борьбе присоединяется Майлз. Однако тоже тщетно, и как раз в тот момент, когда Веном собирается его убить, Коннорс приходит на помощь в образе Ящера.